FEI Amira 6(三维可视化软件)

FEI Amira 6是澳大利亚Visage Imaging公司出品的一款功能强大的专业可视化和三维重构软件，常用于可视化操作、生命科学研究和了解来自于计算机断层扫描、显微镜、MRI及许多其他成像形式的数据。它能够识别生命科学、生物医学的数据来源、方式及类型，提供XBioFormats、XNeuro、XMolecular、XImagePAQ、XMesh等多种可视化技术和交互操作功能。作为分子和细胞生物学、神经科学以及生物工程学等多个研究领域的专家公认好用的软件，Amira不管是从重建的几何体到任何可导入的三维数据（包括时间序列），都能获得优秀的效果。欢迎有需求的用户前来免费下载。

软件特色

1、多用途一个跨学科工作的工具。
2、灵活的选项包配置用户的需要。
3、高效利用最新的显卡和处理器。
4、易于使用直观的用户界面和伟大的文档。
5、成本效益多选项和灵活的许可证模式。
6、处理大型数据非常大的数据集可以方便地使用特定的读者访问。
7、可扩展C ++编码向导，用于技术扩展和定制。
8、支持直接的客户支持与高水平的互动。
9、创新技术总是更新到最新的创新。

amira软件主要功能

1、处理和重构
通过各种数字过滤器及交互式编辑器来处理图像，对图像体内的组织和区域进行重构。
①图像过滤
②曲面的生成
③图像选取
④切片对齐校正
⑤自动和手动配准
⑥体积和图像取样
⑦体积裁切
⑧对体积数据直接编辑
⑨曲面资料编辑
⑩数据类型转换
⑪脚本编辑
⑫三维多平面重建视图融合
⑬三维多平面重建视图中自动及手动配准
2、可视化探索状语从句
拥有快速交互式及高质量的可视化技术，您可以轻易的通过裁剪和配色来探索体数据。
①正切面，斜切面及曲线切片
②多分辨率的体渲染及阴影
③曲面渲染
④等值线和等值面
⑤多色频的图像可视化
⑥图像融合
⑦高度场
⑧正切面投影
⑨线状结构的可视化追踪
⑩三维特定区域的选取
⑪裁切与切割
⑫时间序列数据可视化
⑬三维平面多查看重建数据复杂集
3、分析量化状语从句
利用高级的统计工具对体进行面和网格分析，交互的完成对距离，角度，面和体的几何测量；阿米拉同MATLAB相结合，执行模拟和先进的数字分析功能。
①组织材料分析统计
②体积和曲面的测量
③二维/三维线性测量及标注
④联合定位分析
⑤数值运算
⑥密度测定
⑦曲面分析
⑧结合MATLAB引擎
⑨网络统计
4、展示状语从句
创建高质量的基于事件时间轴的交互式立体或非立体演示，并生成动画或视频演示文件。
①动画制作工具
②高质量的演示影片
③影片的生成
④多样化的三维立体演示模型
⑤支持自动立体演示
⑥二维和三维动画标注展示

FEI Amira(三维可视化软件)扩展模块

1、XBioFormats
提供其他生命科学文件格式支持
方便地加载 140 多种文件格式的三维或四维以上数据（由 Bio-Formats 与 Glencoe Software 合作提供支持）。研究人员现在可以从最新的显微镜以最新版本的支持专有文件格式读取数据。

2、XNeuro
用于扩散张量成像和灌注分析
此扩展提供专用模块，用于分析从 CT 或 MR 成像获取的图像。扩散加权 MR 成像 (DWI) 用于对组织（如大脑或肌肉）中的水扩散率进行成像。通过此扩展，用户可计算表观扩散系数 (ADC)、部分各向异性 (FA) 和方向编码彩色 (DEC) 图。扩散张量成像 (DTI) 旨在定位并可视化人脑或灵长类动物大脑中的纤维束，受多个模块支持。通过跟踪 MR 或 CT 图像时间序列中的造影剂团，支持脑灌注分析。

3、XMolecular
用于分子可视化
此扩展结合了 Amira 强大的三维数据可视化功能（如硬件加速立体渲染）以及用于分子可视化和分析的特定工具（如分子表面、序列比对、配置密度计算和分子轨道动画）。Amira 用户界面非常直观，因此可以轻松使用此扩展的各项功能。对于最常见的分子可视化任务，XMolecular 扩展附带自动运行的演示和分步教程。

4、XImagePAQ
用于高级图像处理和定量
此扩展为物体、细胞和组织特征的图像增强、简化和自动分割、广泛测量和定量提供高级工具。

5、XMesh
用于三维几何体生成
此扩展使用四面体网格、矢量场可视化和复杂张量计算，为处理复杂表面分析、三维体重建的科学家提供高级功能。此软件包专为有限元建模 (FEM) 设计，用于三维规则场、脑科学和三维流体动力学模拟的计算分析。

6、XTracing
用于灯丝检测
此扩展允许在强噪声图像中检测并跟踪灯丝或管状结构，从而进行各种分析，例如分析电子立体成像中的肌动蛋白纤维或微管。

7、XWind
用于高级 CFD/FEA 工具和数据导入/导出
此扩展能够在生物力学等应用领域，对通过有限元分析 (FEA) 和计算流体动力学 (CFD) 模拟得出的数值解进行分析、可视化和演示。XWind 具有主要格式的模型导出和模拟结果导入，增强 Amira XMesh 扩展。它还添加了这些模拟结果的高级后处理功能。

8、XLVolume
用于核外数据管理
通过此扩展，Amira 能够处理超出可用主要内存的大数据集，例如在计算机 RAM 较小时或在使用 32 位操作系统时。XLVolume 扩展采用兴趣体和多分辨率技术，可克服这些限制，并允许对海量数据进行交互可视化和处理。根据可用资源，此扩展允许探索超过 8 GB 的图像量，并已成功测试，可处理超过 300 GB 的数据集。

9、XPand
用于开发高级自定义模块
通过此扩展，您可以通过记录完善的 C++ API 来开发自定义数据类型、可视化或处理模块以及输入/输出例行程序，以此来扩展 Amira。此扩展拥有面向对象的语言和开放式设计，是满足特定技术要求的理想方案。

10、XScreen
用于协作和沉浸式虚拟现实
此扩展通过大型平铺显示和沉浸式虚拟现实配置（如 CAVE），实现高级数据可视化和分析。XScreen 扩展支持多通道系统上的高效多线程渲染和集群系统上的分布式渲染，提供最佳性能，而带宽要求极低。它还支持主动或被动立体、边缘融合、头部跟踪、三维交互，让您在使用 Amira 功能时获得真正的沉浸式体验。

常见问题

1、Amira 是否利用多个处理器？
是，Amira 在许多情况下使用多处理器系统，例如图像滤波器。
2、对显卡可使用的纹理尺寸是否有限制？
有限制。精确值视显卡而定。一般的限制是，每个二维纹理为 2048x2048 像素，三维纹理为 512x512x512 像素。在某些体系结构上，对可用纹理内存总量也有限制。这对于立体渲染模块等基于纹理的立体渲染特别重要。