MEGA(分子进化遗传分析软件)

MEGA 7是来自国外的一款操作便捷，功能强大的分子进化遗传分析软件，全称：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件，用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据，可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等，非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定。软件功能齐全，界面简单直观，新版本带来了更多的功能和改善，增加了了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件。并且重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。Timetree系统用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间（Tamura等人，2012）等等。有需求的用户请下载这款MEGA 7进化树软件。

功能特色

1、序列分析

系统发育推论

型号选择

约会和时钟

祖传国家

选择和测试

序列比对

2、统计方法

最大似然

距离方法

普通最小二乘

最大的简约

复合似然

贝叶斯

3、强大的视觉工具

对齐/跟踪编辑器

树探索者

数据探索者

传奇发电机

基因复制向导

时间树向导

MEGA 7教程

1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。

①取一条目标氨基酸序列，在NCBI的blast板块进行下比对：

②将比对结果下载下来保存为fasta格式，如下：

2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。

3、打开刚刚保存下来的fasta序列，如下：

4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（邻接法）和Minimum-Evolution（最小进化法）方法，在此选择选择Neighbor-Joining（邻接法）建树，出现下图。

7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。