Primer Premier(引物设计软件)

Primer Premier 6是加拿大Premier公司推出的一款专业的引物设软件，软件主体分为四大部分，尤其常用的是引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA基元（motif）查找，给专业人员带来的极大的便利。

小编为大家带来的Primer Premier 6.25最新版本功能更加强大，立足点也是按照引物设计的基本原则，只是更加快速和自动化而已。我们可以直接提交模板序列到特定网页，如著名的primer3，得到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件，支持win7 操作系统，具有PCR或测序引物以及杂交探针设计功能，有需要的朋友请下载体验。

PS：Primer Premier 6运行需要JRE环境。

软件功能

1、CR引物设计：设计引物对用于PCR和多重实验。

2、跨物种：扩增来自多个物种的序列。

3、致病性检测：在高度保守的区域中定位寡核苷酸。

4、等位基因特异性：仅扩增一组相关序列中的单个成员。

5、简并：从氨基酸序列开始，反向翻译并自动设计低简并区域的寡核苷酸。

6、嵌套/多重：检查多个候选寡核苷酸之间的同源性。

7、限制酶和基序分析：从数据库中选择800多种酶和200种常见基序。

8、Clustal W比对：使用任何资源（包括EBI）在执行ClustalW比对后加载比对序列。

9、多序列比对：使用流行的Clustal W算法来对齐桌面上的序列（仅适用于Windows版本）。

10、算法：使用Breslauer值计算Tm。

长PCR-处理最多50 KB的序列。

软件特色

1、主要界面可分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）四大块

2、该软件就是用来进行引物设计的，进行这些操作非常简单

3、可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4、在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来

primer6设计引物教程

1、首先，选取目的基因序列，对格式没有什么要求，只需要将目的基因序列复制就可以。

2、打开File目录下的New，选择Sequence。这里的另一个project选项是导入文件的方式，也就是将目的基因以文件形式保存的可以直接导入文件。一般通过复制的方式会更方便。

3、打开Sequence后，会弹出粘贴框，只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可，然后点击下方的Add。

4、选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计，在设计开始前可以更改设计的参数，包括搜索的碱基范围、引物的长度，碱基数，设计结果显示的引物对数等。

5、设置完参数后，点击下方的Search，软件开始分析设计，完成后，点击OK。设计结果就会在下面显示出来。

6、结果中蓝色为前引物，红色为后引物，Rating是对引物的综合评价分数，在上方也会显示引物的优劣，最好的为Best，中等为Good，最次的为Poor。一般选择引物都为Best或Good，其它显示均是无法使用的。

7、在右边还有两个选项，All Primers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换。

8、All Structers则可以查看当前选定引物的结构，如发夹结构，引物二聚体和重复碱基等。

9、引物选定完成后，点击下方的引物序列，再右键会弹出复制信息选项，进而将设计好的引物导出。也可以直接以文件的形式将结果导出。

更新日志

v6.25版本

升级适应了 NCBI-BLAST 服务器上可用的最新基因组数据库以及 NCBI 最近在其网站和服务上所做的更改，以提高安全性和隐私性。