大小:1.6M
更新时间:23-10-23
系统:Pc
版本:v2.10e
ntsyspc是一款来自国外非常知名的分子生物学分析软件。主要可为从事生物研究者提供生物群体聚类分析及相似性分析,并自动计算相关遗传距离,分析聚类树绘图等操作,可利用Ntedit直接录入数据,从excel表中直接读入数据,还可以从文本文件进行读取数据。专业性很强,有需要的便宜请下载。
1、数据格式整理
格式和注意事项与分子标记格式相同,表型数据导入时,表型数目等同于标记数目,表型名称可以简化为数字,表型缺失数据用-999表示。另存为nts格式的操作和标记基因型一致,在此不再详述。
2、数据标准化
在Output&transf.菜单下选择,弹出下图界面,在Input file和Output file分别设置表型数据文件和标准化后的存储文件。设置好后点击Compute运行。
3、欧式距离矩阵计算
选择Similarity菜单下的Interval data,Input file选择标准化后的.nts数据文件,运算函数Coefficient选择EUCLID,数据保存在Output file,格式设为.nts。
1、相似性和差异性:关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。
2、聚类:UPGMA和其他等级结构的SAHN方法(可以是多重关系)、邻接法和共同树的几种形式。
3、图论方法:最短长度的生成树和用邻接法绘制图片(可以是无根系统树)。
4、 排序:主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。
5、图片互动:表征图、物种树、二维散点图,相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。
6、多变量测试:典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。
7、几何形态测量:包括Procrustes分析的特殊组件,用于叠加重点结构,绘制Procrutes分析的结果图片,绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数(包括2D和3D椭圆图片)和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。
8、其他:由同表象相关、Mantel测试,3-way Mantel测试,数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。
关于ntsyspc的使用,由于专业性强,小编也不敢在这里班门弄斧,但是为了帮助大家学习,小编还是花功夫在网上找了一下比较简单的教程,打包在压缩包内,需要的朋友请仔细阅读!!
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