大小:54.92M
更新时间:23-09-21
系统:Mac
版本:v4.3.6
SnapGene mac版是一款功能非常强大的分子生物学软件,它模拟了Clontech的In-Fusion克隆技术,只需选择您想要融合的DNA片段,即可设计引物,是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法,该软件还简化了吉布森装配反应的计划,并自动化了底漆设计,通过PCR扩增待连接的DNA片段以产生重叠末端,同时还能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助我们准确清晰地为分子生物学绘制相关图形。
除此之外,SnapGene软件还可以方便教师和专门的学生来分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒元件,并且还可以将数据导出为与设计用于DNA序列的其他流行软件解决方案兼容的文件格式,甚至还提供了计划,可视化和记录DNA克隆和PCR的最快和最简单的方法,用户可以轻松注释功能并设计引物,这种分子生物学工具可以生成详细的 DNA 序列文件,并与同事共享,有需要的朋友欢迎前来下载。
一、想象
1、DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
地图 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 历史
自定义酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。
2、大序列支持
浏览染色体大小序列。
查看 · 搜索 · 缩放
利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。
3、蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史
自定义区域,站点,键和序列颜色的显示。
4、直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
标准编辑 · DNA结束
进行插入,删除,替换和大小写更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能。
5、序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。
6、特征注释
自动注释常用功能,或手动注释新功能。
自动特征检测 · 手动特征注释
使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库
二、模拟
1、限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。
独特性 · 甲基化***性 · 特殊性质
以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
2、限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面。
如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3、PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4、重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段。
最多可组装八个片段。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5、引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变。
选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
6、网关®克隆
模拟网关® BP克隆或lr克隆,或两者在同一时间。
为方便起见,提供了常见的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,SnapGene将设计引物。
7、吉布森大会®
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
8、IN-FUSION ®克隆
通过在向量中插入最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的方法,可用于创建无缝基因融合。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
9、TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效GC克隆。
为方便起见,提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
10、退火Oligos
退火两个寡核苷酸形成双链产物。
使用简单的控件添加突出限制克隆。
三、避免错误
1、阅读基因融合的框架
确保构造中的已转换要素符合框架。
链接翻译 · 警告信息使用“序列”视图可以快速查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果是这样,翻译链接在同一行。如果不是,则翻译在单独的行上。
2、与参考序列对齐
使用强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。
四、自动录制
1、全面的“撤销”能力几乎撤消任何操作。
不要害怕尝试使用SnapGene文件 - 回溯您的步骤很容易。
2、历史和嵌入式祖先
查看构造的图形历史记录。
单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
单击历史记录树中的祖先以重新生成该祖先序列文件,包括其注释和克隆历史记录。
3、历史色彩
使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改。
详细了解构建体的组装方式,包括结扎的粘性末端。
五、有你的数据
1、安全文件管理
将SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系统来存储和整理SnapGene文件。
2、从其他格式导入
阅读许多常见的文件格式。
不仅可以导入DNA序列,还可以导入注释和注释。我们将继续开发进口商,以确保您不会被锁定为专有文件格式
3、导出为标准格式
将序列,地图或凝胶图像转换为标准格式,以便与其他软件一起使用。
将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享数据
将SnapGene格式的文件发送给可以下载免费SnapGene Viewer的同事或客户。
只需将文件与链接一起发送到SnapGene Viewer即可。收件人将能够看到地图,序列和注释,就像在完整的SnapGene界面中一样。
六、转换文件格式
开放式信息交换至关重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了读取和导出常见文件格式的选项。
1、设计更好的程序
准确设计和模拟克隆程序。测试复杂的项目,在错误发生之前发现错误,并在第一时间获得正确的构造。
2、可视化您的流程
当您可以看到自己在做什么时,克隆会更容易。直观的界面为您提供无与伦比的工作可见性,简化通常复杂的任务。
3、自动记录您的工作
软件自动记录文档,因此您不必这样做。查看并分享导致最终质粒的每个序列编辑和克隆程序。
v4.3.6版本
4.3版增加了多个新功能,包括重叠群装配,更灵活的比对工具,支持切口内切核酸酶,以及支持点特征。
1、重叠群大会
线性或环状重叠群可以从重叠序列或Sanger序列迹线重新组装。
2、灵活的对齐
现在可以以各种方式导入要对齐的序列。可以提取多个对齐的一部分以生成新的多重对齐,或者可以编辑现有的多个对齐以添加或移除由不同算法生成的对齐。
3、Nicking Enzymes
可以显示Nicking核酸内切酶。当选择跨越从线性序列的末端到切口核酸内切酶位点时,可以通过按Delete删除该单链区域。
4、点特征
现在,DNA序列支持零长度点功能,并在从GenBank,MacVector或Gene Construction Kit导入文件时识别。
5、酶网站突出显示
常用的酶位点可以用黄金突出显示,以便快速识别。
6、协调一致性增强
多重比对的共识序列具有改进的格式,现在可以复制或导出。
7、用于与参考序列对齐的存储编辑
根据流行的需求,当通过调整比对序列的端点编辑与参考DNA序列的比对时,保留和恢复那些编辑。
8、从其他文件格式导入功能
可以将特征导入到BED,GFF3或GTF格式的DNA序列中。
9、从UniProt导入
可以从UniProt数据库导入蛋白质序列记录。
10、进口基因组编译器项目
现在可以在SnapGene中直接打开Genome Compiler项目文件(.gcproj)。对于施工项目文件,在“历史记录”视图中捕获施工历史。
11、引物添加日期
将引物添加到文件时,会记录日期。引物可按添加日期排序。
12、读取和写入对齐文件格式
SnapGene可以导入比对以在SAM / BAM和参考序列矢量NTI® .cep格式,并且可以比对导出到SAM / BAM格式的参考序列。
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